La primera entidad científica que agrupó a los cirujanos del país, se llamo SOCIEDAD PERUANA DE CIRUGÍA, cuya vida institucional se desarrolló entre 1918 y 1940. En este año, la Sociedad cambia de nombre y lineamientos y se funda la ACADEMIA PERUANA DE CIRUGIA, nombre con el que se mantiene hasta el presente.
La Academia Peruana de Cirugía fue fundada el 10 de Julio de 1940, a iniciativa del Preofesor Doctor Fortunato Quesada Larrea y los Profesores Doctores Constantino J. Carvallo, Francisco Graña Reyes y Carlos Villarán Godoy. De acuerdo al Acto de Fundación, reemplazo a la Sociedad Peruana de Cirujanos Peruanos.

Su primer  Presidente fue el Doctor Fortunato Quesada Larrea.
Sus Organos Oficiales de publicación han sido:

• “Revista de Cirugía” con los números: 1- 2 – 3- 4 Año 1 1943
• “Boletín de la Academia Peruana de Cirugía”
• Revista de la Academia Peruana de Cirugía, la cual se mantiene hasta la actualidad.

Reconocimiento Oficial: R. M. 3 de Marzo de 1943, Ministerio de Salud Pública y Asistencia Social.
.La sede desde su fundación ocupó el local conjuntamente con la Academia Nacional de Medicina en el Jr. Camaná 773, Lima- Perú.
El primer Congreso Peruano de Cirugía: 20-27 de Abril de 1947, Presidente del Congreso Dr. Francisco Villagarcía Paco.

FUNDADORES COMO ACADÉMICO TITULAR:

Miguel C. Arjovin
Eduardo Bello
Juvenal Denegri
Guillermo Castañeda Espinosa
Constantino J. Carvallo
Manuel J. Castañeda
Enrique Febres Odriazola
Alberto Flores
Francisco Graña Reyes
Enrique Manchego
Carlos Morales Macedo
Juan José Mostajo
Ricardo Palma
Ricardo Pazos Varella
Luis de la Puente
Carlos Villaran Godoy

FUNDADORES COMO ACADÉMICO ASOCIADO:

Ricardo Angulo
Rufino Aspiazu
Emiliano Almeida
Víctor Bazul
Enrique Blondet
Pablo Boza
Rodolfo Beltrán
Alejandro Besellau
Ignacio F. De Bustamante
Justo A. Caballero
Marcelino Castellares
Eulogio Colichón Ramiréz
Alfredo Curotto
Luis A. Chávez Velardo
Adolfo Chipoco
Mauricio Dávila
Ernesto Delgado Gutiérrez
Felipe Denegri
Abel E. Delgado
Luis M. Delgado
Aurelio Díaz Ufano Peral
Rodrigo Franco Guerra
Oscar Guzmán del Villar
César Heraud Grijalva
Alejandro Higgson
Hipólito Larrabure
Felipe A. de la Torre
Federico León y León
Juan Losio
Gerardo Lozada
Ezequiel Martínez
Amador Merino Reyna
Lucas Molina Landa
Gilberto Morey Sotomayor
Jorge A. Morrinson
Marco Nicolini
Alfredo Otero
Carlos A. Protzel
Enrique Pardón
Enesto Raffo
Jorge de Romaña Placolles
Francisco Sánchez Moreno
Alberto Sabogal Carreño
Santiago Sáncez Checa
Alberto Santos Astete
Oscar Soto Nano
Clímaco Tamayo
Alberto Toranzo
Teodomiro Vargas
Francisco Villa García Paco
Froilan Villamón
Fernando Wieland.